コマンドプロンプトで下記を実行します。

diskpart
list disk
 
# ここで対象のUSBメモリのドライブを確認　ここでは仮に1とする
 
select disk 1
list partition
 
# ここで対象のパーティションの番号を確認
 
select partition 0
delete partition override
 
# パーティションの数だけ繰り返す
# すべて消去したら初期化状態になる
 
create partition primary
 
# この時点で通常のUSBメモリとして使用できる状態になります