「https://example.com/dokuwiki/doku.php?id=start」から、「https://example.com/dokuwiki/」にする設定です。

DokuWikiのインストールファイルに「.htaccess.dist」が入っているため、一旦ダウンロードしてファイル名を「.htaccess」にした上で内容を下記のように変更します。

RewriteBaseはインストールしているディレクトリに合わせて値を変更（ルートディレクトリの場合は「/」でOK）、他はコメントアウトを外すのみです。

RewriteEngine on

RewriteRule ^_media/(.*)              lib/exe/fetch.php?media=$1  [QSA,L]
RewriteRule ^_detail/(.*)             lib/exe/detail.php?media=$1  [QSA,L]
RewriteRule ^_export/([^/]+)/(.*)     doku.php?do=export_$1&id=$2  [QSA,L]
RewriteRule ^$                        doku.php  [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}       !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}       !-d
RewriteRule (.*)                      doku.php?id=$1  [QSA,L]
RewriteRule ^index.php$               doku.php

RewriteBase /dokuwiki