https://www.example.com/doku.php?do=sitemap
サブディレクトリにインストールしたDokuWikiをルートで表示 の設定をしていてもURLはルートでOK。
User-agent: * Disallow: Sitemap: https://www.example/doku.php?do=sitemap
robots.txtを作成してルートディレクトリにアップロードします。